従業員が月の途中で入社した場合、変形労働やフレックスタイムの基準時間を自動で日割り計算することはできません。以下の手順で、対象従業員の入社月のみ個別に基準時間を設定してください。
1. 設定 > 従業員 > 従業員設定 を開き、該当者の [編集]をクリックします。
2. 雇用情報カテゴリの[詳細]を展開します。[月別基準時間設定]をクリックします。
3. 雇用区分設定で月別基準時間を設定している場合は、その値が表示されます。入社月の基準時間を変更します。
※入社翌月以降は変更不要です。従業員別の基準時間が未設定の場合は雇用区分設定で設定した基準時間が適用されます。
4. [登録]をクリックします。
5. 設定後は入社月に対して、勤怠データ再計算を実施します。
補足
各項目の設定方法はこちらの記事をご参照ください。