直行直帰（みなし出退勤）パターンで半休は使用できますか？

使用可能です。

午前 / 午後出勤のパターンを設定することで、半休取得時もみなし出退勤を行なうことができます。

事前設定 

設定 ＞ スケジュール ＞ パターン設定 ＞ 作成した、直行直帰パターンの［編集］＞ 半日勤務

・・・午前出勤パターン登録［設定］

・・・午後出勤パターン登録［設定］

にて、半日出勤時の出退勤予定時刻を登録することで、半休使用時もみなし出退勤を適用することができます。

半休取得方法

通常勤務時と同じ手順で、半休を取得します。