土曜日が定休の場合、自動スケジュール設定で土曜日の勤務日種別を「法定外休日」（または「法定休日」）と登録しておくことが便利ですが、年数回だけ土曜出勤日があるという場合の対応として、予め土曜出勤日にスケジュールを設定することをお勧めします。
詳細
全メニュー ＞ スケジュール管理 ＞ 対象月、所属を選択して［表示］ ＞ ［スケジュール登録］をクリックします。
コピー元スケジュールの「パターン」欄にて、勤務用スケジュールを選択し対象日にチェックを入れることでスケジューリングできます。
このように予め設定したスケジュールは、当日打刻があっても自動スケジュール設定の内容で上書きされることはありません。
補足
「従業員別自動スケジュール機能」を利用する方法もございます。従業員数、スケジュール状況によってふさわしい方をご選択ください。