「AM有休」、「PM代休」などが選択できない場合、以下の原因が考えられます。
半日単位で取得できる設定になっていない
設定 ＞ スケジュール ＞ 休暇区分設定 ＞ 該当の休暇の「編集」を開き、
「半休」項目が「使用する」となっていることをご確認ください。
全日休暇パターンが存在しない
全日休暇パターンが存在しない場合、その休暇を半日単位で取得することはできません。
設定 ＞ スケジュール ＞ パターン設定 を開き、該当の休暇の全日休暇パターンが存在していることをご確認ください。 
全日休暇パターンの使用が制限されている
全日休暇パターンの使用所属や使用雇用区分が制限されている場合、半休の取得も同様に制限されます。
設定 ＞ スケジュール ＞ パターン設定にて該当の全日休暇パターンの「編集」をクリックします。「基本情報」カテゴリの「詳細」ボタンをクリックします。「使用する所属」「使用する雇用区分」にて、制限されていないかどうか、ご確認ください。
上記のように、「有休」は正社員しか使用できない設定をしている場合、他の雇用区分の従業員は、「半休種別」にて「AM有休」「PM有休」を選択できません。