以下の設定項目を確認してください。

設定 ＞ 従業員 ＞ 雇用区分設定 ＞ 該当区分の ［編集］ ＞ 休憩関連カテゴリ ＞ 休憩時間1～3 ＞ ［A］分間の労働につき［B］分間の休憩を自動取得する

1日の労働時間が［A］を下回る場合は、休憩時間は自動取得されません。

打刻申請によって、該当日の「休憩開始」「休憩終了」を記録することで対処してください。