代休や振休（旧機能）を手動付与のみで管理する場合、以下にて自動付与の設定を解除します。

代休

設定 ＞ スケジュール ＞ 休暇区分設定 ＞ 代休の［編集］をクリック ＞ 休日出勤時の休暇数増減 で「増減しない」を選択

振休（旧機能）

設定 ＞ スケジュール ＞ 休暇区分設定 ＞ 振休の［編集］をクリック ＞ 振休付与 で「増減しない」を選択

手動付与方法は、こちらをご参照ください。